Официально, датой основания Мурманского филиала Университета считается 27 ноября 1958 года. В этот день, Распоряжением №25 Управления учебных заведений Министерства морского флота СССР в городе Мурманске создан Учебно-консультационный пункт (УКП) Ленинградского высшего инженерного морского училища имени адмирала С.О. Макарова (ЛВИМУ им. адм. С.О. Макарова).

Таким образом, УКП ЛВИМУ им. адм. С.О. Макарова стал третьим высшим учебным заведением открытым в городе Мурманске на тот период времени. Основной целью учебно-консультационного пункта в городе Мурманске являлось оказание образовательных услуг в области высшего морского образования по заочной форме обучения для работников Мурманского морского пароходства. УКП ЛВИМУ им. адм. С.О. Макарова находился по адресу: г. Мурманск, переулок Теркий 13.

17 мая 2000 года на основании Приказа №51 Министерства транспорта Российской федерации на базе УКП Государственной морской академии имени адмирала С.О. Макарова создан филиал в городе Мурманске.

13 сентября  2012 года на основании Распоряжения Федерального агентства морского и речного транспорта образован Мурманский филиал Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Государственный университет морского и речного флота имени адмирала С.О. Макарова.

В 2011 году в филиале был образован морской учебно-тренажерный центр. Активное развитие тренажерного центра потребовало наличия больших площадей для организации и проведения занятий. Поэтому в 2013 году Мурманский филиал ФГБОУ ВО «ГУМРФ имени адмирала С.О. Макарова» сменил свое месторасположение и по настоящее время находится по адресу: г. Мурманск, ул. Юрия Гагарина 21.

С 2015 года Мурманский филиал Университета реализует на своей базе только программы дополнительного профессионального образования. Входящий в состав филиала морской учебно-тренажерный центр проводит свыше 40 программ обучения для специалистов морского, ледокольного и рыбопромыслового флотов, в том числе полный спектр программ подготовки в соответствии с требованиями Международной конвенции о подготовке, дипломировании моряков и несении вахты 1978 года с поправками (Конвенции ПДНВ).

В 2015 году Мурманский филиал прошел  в составе Университета сертификацию системы менеджмента качества со стороны Российского морского регистра судоходства в отношении проектирования и реализации образовательных программ дополнительного профессионального образования на уровне соответствующем государственным и международным требованиям и стандартам, включая требования Конвенции ПДНВ.

В период с  2015 года по 2017 год полностью завершена модернизация специализированных учебных аудиторий по оказанию первой медицинской помощи, борьбе за живучесть судна, борьбе с пожарами и подготовке по управлению неорганизованной массой людей. Дополнительно к имеющемуся специализированному компьютерному классу по проведению входной, промежуточной и итоговой  аттестации обучающихся слушателей курсов, в первом квартале 2017 года  вступил в строй второй компьютерный класс.   

С 2016 года на базе Мурманского филиала Университета функционирует опорный пунк по сдаче итоговых экзаменов судоводительским составом морских судов в системе дистанционного обучения СДО «Фарватер».

В декабре 2017 году Мурманский филиал Университета успешно прошел освидетельствование системы стандартов качества на соответствие МК ПДНВ в Российском морском регистре судоходства.

С января 2018 года Мурманский филиал «ГУМРФ имени адмирала С.О, Макарова» совместно с Институтом дополнительного профессионального образования (ИДПО) Университета активно участвует в организации и создании системы корпоративной наставнической деятельности  для ФГУП «Атомфлот». Для этих целей, разработано и утверждено свыше 120 учебных программ дополнительного образования по обучению стажеров на занятие штатной должности в составе  экипажа судов с ядерной энергетической установкой (ЯЭУ) и атомно-технологического обслуживания (АТО).

В настоящее время филиал сотрудничает в области подготовки, переподготовки и повышения квалификации более чем с 50 предприятиями и организациями расположенными на территории города Мурманска и Мурманской области, среди которых ФГУП «Атомфлот», ОАО «Морская арктическая геологоразведочная экспедиция», АО «Арктикморнефтегазразведка», группа компаний «ФЭСТ», Мурманский филиал ФГУП «Росморпорт», Мурманский филиал ООО «Газпром флот», ООО «Кандалакшский морской торговый порт» и др.

Ежегодно в морском учебно-тренажерном центре Мурманского филиала проходят обучение по программам подготовки, переподготовки и повышения квалификации свыше 4500 человек. С 2011 года по настоящее время в морском учебно-тренажерном центре Мурманского филиала  прошло подготовку свыше 35000 человек.